生物除臭剂是将筛选的除臭微生物固定在载体上，制成一定的剂型，通过一定的途径将有害恶臭气体氧化降解，从而达到有害气体的无害化处理。在堆肥过程中还可调节菌群结构、提高微生物活性，从而加速堆肥腐熟、缩短发酵周期，减少氨气和硫化氢等恶臭气体的排放，是解决目前堆肥除臭关键性问题的研究热点之一。
生物除臭剂的除臭过程是气体扩散和生化反应的综合过程，其作用机理可分为3个阶段：
第一阶段，恶臭气体成分与水接触，溶于水或粘附于水体表面；
第二阶段，溶于水的恶臭成分经微生物的吸附作用，被吸收进入细胞内；不溶于水的臭气分子先附着于微生物体表，通过微生物分泌细胞外酶分解为可溶性物质，再被吸收进入细胞内；
第三阶段，微生物利用恶臭成分进行代谢作用，将恶臭成分作为营养物质进行分解利用，进而消除臭味。
目前，微生物除臭主要是针对NH3和H2S的降解。NH3的降解主要是通过其在有氧条件下将NH3转化成硝酸盐，最终在兼性厌氧环境中将硝酸盐还原为无害的N2排人大气。而有硫气体如甲硫醇，可先通过异养型微生物转化成H2S，H2S在一定条件下可氧化生成硫酸根，从而使有害气体转化为无害物质。
从除臭微生物的使用方式来说，微生物除臭主要以以下几个方向被用来除臭。
（1）饲料中添加除臭微生物，畜禽养殖过程中饲用微生物制剂。其原理是饲料中添加的微生物菌属可以利用自身的生理代谢作用将动物体内的NH3、H2S、CH4等有害气体消化吸收，使其转化为有利用价值的营养物质被动物体吸收利用，使动物粪便中的有害成分减少，从而降低有害气体的产生。
（2）畜禽粪堆肥过程中添加微生物复合菌剂。有研究表明，用不同动物粪肥堆腐物挑选出的耐高温菌制成微生物复合菌剂添加到畜禽粪肥中可以有效降低NH3的合成。城市垃圾场中分离出的含芽孢杆菌、无色菌属、溶藻菌属等菌株的复合微生物除臭菌剂可有效清除动物粪便中的NH3含量，具有良好的除臭效果。
（3）将除臭微生物喷洒于畜禽养殖场内。其原理是喷洒在地面上的有益微生物在生长时会将粪便中的NH3、H2S等有害气体作为营养物质吸收利用，从而减少养殖场内的有害气体，保护养殖环境。
